Der Palazzo auf der Isola Madre ist ein alter Wohnsitz der Adelsfamilie Borromeo, der im Jahre 1590 auf den Überresten einer römischen Festung errichtet wurde. Er beherbergt eine prächtige Marionettensammlung aus dem 18. und 19. Jh. sowie eine Puppensammlung mit Ausstellungsstücken aus dem 19. und 20. Jh.

Seine Räume sind mit Gemälden und Skulpturen, Stoffen und kostbaren Möbeln aus dem 18. Jh. eingerichtet, besonders interessant ist die Rekonstruktion eines Schlafzimmers aus dieser Zeit. Im zweiten Obergeschoss befindet sich ein sehenswertes Marionettentheater.